Port został otwarty w 1975 roku, zastępując działający do tej porty Lyon-Bron Airport, znajdujący się w granicach miasta. Lotnisko ochrzczono imieniem znanego pisarza i lotnika, pochodzącego z Lyonu Antoine de Saint Exupery'ego. W 1994 roku wybudowano linię kolejową, łączącą port z Paryżem i Marsylią. Obecnie port jest w stanie obsłużyć nawet 10 milionów pasażerów rocznie, a z obecnym wynikiem plasuje się na 4 miejscu po portach w Paryżu, Orly i Nicei.